آیت الله علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، در واکنش به اعدام شیخ نمر باقر النمر، روحانی شیعه سعودی، پیش بینی کرد که "دست انتقام الهی گریبان سیاستمداران سعودی را خواهد گرفت." رهبر حکومت اسلامی ایران ضمن محکوم کردن اعدام شیخ نمر، تصریح نمود که تنها "گناه" این روحانی شیعه سعودی "انتقاد علنی و امر به معروف و نهی از منکر برخاسته از تعصب و غیرت دینی بوده است."

پیشتر سپاه پاسداران ایران با انتشار بیانیه ای در واکنش به اعدام شیخ نمر "عربستان سعودی را به انتقامی سخت در آیندۀ نزدیک" تهدید کرد و افزود که "این انتقام سقوط رژیم عربستان سعودی را در پی خواهد داشت" که از نظر سپاه پاسداران ایران "رژیمی ضداسلامی و حامی تروریسم" است.
در واکنش به تهدیدهای صریح و ضمنی حکومت ایران، وزارت امور خارجۀ عربستان با انتشار بیانیه ای اعلام کرد که جمهوری اسلامی ایران که طی سال گذشتۀ میلادی بیش از هزار و صد تن را اعدام کرده و بالاترین شمار اعدام ها را در جهان داراست آخرین رژیم در جهان است که می تواند دیگر کشورها را به نقض حقوق بشر متهم کند. وزارت امور خارجۀ عربستان سعودی همچنین جمهوری اسلامی ایران را به پشتیبانی از تررویسم متهم و یادآوری کرد که رژیم ایران به دلیل همین پشتیبانی از تروریسم بارها از سوی سازمان ملل محکوم شده است. دولت ریاض واکنش های تُند تهران را نسبت به اعدام شیخ نمر دخالت آشکار در امور داخلی عربستان توصیف کرده است.
در واکنش به اعدام روحانی شیعه سعودی، دیروز بعد از ظهر، شنبه دوم دسامبر، شماری از تظاهرات کنندگان به سفارتخانۀ عربستان در تهران حمله کردند و پس از به آتش کشیدن ساختمان سفارتخانه به وسیلۀ بمب های آتش زا وارد آن شدند. خبرگزاری فرانسه در گزارشی که به همین مناسبت منتشر کرد، افزود که کنسولگری عربستان در مشهد نیز از سوی برخی تظاهرکنندگان توسط بمب های آتش زا هدف حمله قرار گرفت. دادستان تهران، عباس جعفری دولت آبادی، گفته است که چهل تن از تظاهرکنندگانی که وارد ساختمان سفارت عربستان در تهران شدند، شناسایی و دستگیر شده اند.
دبیرکل سازمان ملل، بان کی مون، نیز از اعدام شیخ نمر و ۴۶ تن دیگر توسط دولت عربستان ابراز تأثر کرد و رهبران منطقه را به آرامش و خویشتنداری و پرهیز از تشدید تنش های قومی و مذهبی فراخواند.
وزارت امور خارجۀ آمریکا نیز با انتشار بیانیه ای ضمن ابراز نگرانی از نتایج اعدام شیخ نمر از عربستان سعودی خواست که از بیان آرام و صلح آمیز اعتراض ها جلوگیری نکند. در این بیانیه، وزارت امور خارجۀ آمریکا رهبران منطقه را به تلاش برای پیشگیری از افزایش تنش و درگیری فراخوانده است.